Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBQ0

VPS29, Vacuolar protein sorting-associated protein 29, humanhuman

Predictions only

Length 182 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS29Q9UBQ0 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.6■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 GPC1-201ENST00000264039 3713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 MBD4-206ENST00000507208 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 ATG9B-212ENST00000639579 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 RGR-202ENST00000359452 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 NFATC4-201ENST00000250373 4749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 TBL3-205ENST00000568546 6803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 TEX30-205ENST00000376029 959 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 OTOS-202ENST00000391989 645 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 LINC00237-202ENST00000455890 1220 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 SCNN1A-221ENST00000543768 2361 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 PRMT1-217ENST00000532489 1686 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 CCT7-216ENST00000540468 1674 ntTSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 SFTPA2-201ENST00000372325 2189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 ELMO1-209ENST00000448602 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 RASA4-204ENST00000462172 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 PSMD9-201ENST00000261817 2307 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.59■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 Z99756.1-201ENST00000458463 1951 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 SERTAD4-201ENST00000367012 5219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 PRR19-204ENST00000598490 1641 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.09
VPS29Q9UBQ0 NFATC4-203ENST00000422617 5491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 QRFP-202ENST00000623824 1658 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 LGMN-211ENST00000555699 1728 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 PRAL-201ENST00000624952 3286 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 HELT-201ENST00000338875 1008 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 ALKBH6-202ENST00000378875 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 RCHY1-208ENST00000512706 1011 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 AHSA1-202ENST00000535854 1173 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 BTNL9-201ENST00000327705 3500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 BUB3-201ENST00000368858 1361 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 GATA6-201ENST00000269216 3770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 CCDC28A-202ENST00000611852 1505 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 FAM104A-201ENST00000403627 2798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 OSBPL6-203ENST00000357080 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 NARF-206ENST00000457415 1668 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 HHIP-202ENST00000434550 1770 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 GTF2H2C-201ENST00000380729 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 PKP4-AS1-203ENST00000629904 1951 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 SNURF-201ENST00000338327 331 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 ELK1-202ENST00000343894 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 WWOX-201ENST00000355860 710 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 CCNL2-202ENST00000408918 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
VPS29Q9UBQ0 RARRES2P8-201ENST00000566335 367 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.8 ms