Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CLDND1-222ENST00000510545 2124 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TRAF3IP2-AS1-208ENST00000525151 609 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AKR1E2-212ENST00000532248 844 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 C19orf70-206ENST00000590389 769 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 NUP58-201ENST00000381718 2489 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 RGS20-201ENST00000276500 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 GBA2-203ENST00000378103 3611 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SMAD4-201ENST00000342988 8769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TTC29-202ENST00000398886 1729 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 BAP1-202ENST00000460680 3937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC105202.1-204ENST00000502167 1781 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC008894.3-201ENST00000624324 3103 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZNF593-202ENST00000374266 675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MIR648-201ENST00000385046 94 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 HHATL-AS1-201ENST00000423165 557 ntTSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL121832.1-203ENST00000433121 475 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC109322.1-201ENST00000524499 1264 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TMEM258-204ENST00000537328 575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 WASHC3-213ENST00000545679 865 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL022328.4-201ENST00000608025 1001 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CFLAR-214ENST00000443227 1679 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 EXT2-210ENST00000533608 3136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CDC14C-201ENST00000428251 1719 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TEAD3-204ENST00000639578 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 RDX-201ENST00000343115 4491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 DMRTC2-201ENST00000269945 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 YTHDF2-209ENST00000542507 2825 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC012485.3-201ENST00000637634 2424 ntTSL 5 BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TSSK3-201ENST00000373534 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC105339.1-201ENST00000440089 1362 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 BHLHE41-201ENST00000242728 3837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 KANK1-204ENST00000382293 5249 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AL035685.1-202ENST00000637341 1688 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 EPN2-201ENST00000314728 4871 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 LEKR1-211ENST00000498839 616 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 ZNF576-206ENST00000533118 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MRPL57-201ENST00000309594 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CLEC18A-209ENST00000615430 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CLEC18C-211ENST00000618957 2215 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 CLEC18B-205ENST00000619275 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 BTBD11-205ENST00000490090 4614 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 WASF1-207ENST00000392589 3220 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC18.67■□□□□ 0.58
VPS54Q9P1Q0 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.67■□□□□ 0.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.4 ms