Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ACSM1-204ENST00000520010 1894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PLA2G2D-202ENST00000617227 1856 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RERG-209ENST00000546331 1383 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MIER1-206ENST00000371016 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RAB4B-EGLN2-201ENST00000594136 2554 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TMEM45B-201ENST00000281441 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ESPN-216ENST00000636330 4731 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 INTS4P2-202ENST00000614726 2019 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CEACAM16-201ENST00000405314 1583 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLC22A23-203ENST00000406686 5658 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ROPN1-202ENST00000405845 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC134915.1-201ENST00000426461 574 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC113608.2-201ENST00000448379 487 ntTSL 3 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 C4orf3-202ENST00000504110 667 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LINC01663-201ENST00000614596 535 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZBTB14-202ENST00000400143 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MFF-202ENST00000337110 1760 ntTSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 CCNJL-203ENST00000393977 3320 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TMEM263-204ENST00000548125 3349 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 POLD4-201ENST00000312419 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 IFNL2-201ENST00000331982 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SETD4-205ENST00000399208 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SOCS2P1-201ENST00000417727 557 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC016683.1-202ENST00000438409 583 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 LLPH-AS1-201ENST00000510317 623 ntTSL 4 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLC1A4-205ENST00000531327 1217 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB1-203ENST00000398492 2275 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 PPM1G-201ENST00000344034 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SEMA6D-205ENST00000389425 2318 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 SLC29A4-202ENST00000396872 5685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 GOLIM4-201ENST00000309027 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC87Q9NVE4 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC20.29■□□□□ 0.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms