Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ACSL3-202ENST00000392066 3147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CDC42EP4-202ENST00000439510 2879 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 NTNG1-202ENST00000370065 1485 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AFF2-204ENST00000370458 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ABHD3-201ENST00000289119 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL109954.1-202ENST00000564051 2148 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AP4S1-202ENST00000313566 839 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 IFT27-205ENST00000433985 1095 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL513320.1-201ENST00000435049 622 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MSRA-206ENST00000521209 814 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC027682.5-201ENST00000567122 530 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CTDNEP1-207ENST00000572043 857 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LDHAL6A-203ENST00000615355 1042 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 BCL10-202ENST00000620248 774 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 UNC13A-204ENST00000550896 5200 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 APBB1-221ENST00000609360 2642 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SLC18A1-207ENST00000519026 1980 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PRSS50-201ENST00000460241 2960 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PAXBP1-202ENST00000331923 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RSPH6A-202ENST00000597055 2306 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TUB-AS1-201ENST00000506601 2021 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CTNS-202ENST00000381870 2470 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CPEB1-211ENST00000615198 2112 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 STK35-201ENST00000381482 6685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CHFR-204ENST00000443047 2990 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PIP4K2C-207ENST00000550465 1532 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 COQ6-220ENST00000629426 1538 ntTSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DNAJC10-210ENST00000616986 5783 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PDK2-201ENST00000007708 2384 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ZNF662-201ENST00000328199 3186 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC004922.1-201ENST00000638617 2430 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TTC13-201ENST00000366661 3253 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 YIF1B-203ENST00000339413 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 PTGDS-202ENST00000371625 807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AL645608.6-201ENST00000418300 402 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LAMTOR4-205ENST00000468582 621 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC020911.2-202ENST00000588945 593 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SDCCAG3P1-201ENST00000589292 1150 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RUSC1-209ENST00000471876 1749 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 UBXN11-204ENST00000374217 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 POP4-201ENST00000221770 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 N4BP1-201ENST00000262384 7106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 TBCE-201ENST00000366601 1966 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 HDAC5-202ENST00000336057 5040 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 AC006504.4-201ENST00000592118 1568 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 ZNF135-202ENST00000359978 2120 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 RUFY2-204ENST00000399200 2685 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 LAPTM5-201ENST00000294507 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
CCDC28BQ9BUN5 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC28BQ9BUN5 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC28BQ9BUN5 CRHR2-208ENST00000506074 3109 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
CCDC28BQ9BUN5 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms