Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 IFT74-203ENST00000433700 2119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 IDH3G-203ENST00000370093 1662 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 RPS28-203ENST00000600659 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PACS2-203ENST00000447393 6365 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 OPN5-204ENST00000489301 1931 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 NTMT1-201ENST00000372480 852 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 LINC01184-209ENST00000514573 609 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC087741.1-202ENST00000573346 801 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC012645.4-201ENST00000610691 1061 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PIP4K2A-206ENST00000545335 1436 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 BRPF1-203ENST00000424362 4712 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 BCR-201ENST00000305877 7082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC005253.1-201ENST00000597411 2001 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 NIM1K-201ENST00000326035 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ABHD2-207ENST00000565973 2347 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PARVB-210ENST00000619710 1530 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 WNT10B-203ENST00000407467 1802 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 MFSD4A-207ENST00000536357 1841 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 NFIA-205ENST00000371189 1989 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 CPNE6-201ENST00000397016 2235 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 CPNE6-203ENST00000537691 2233 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 MTMR1-208ENST00000445323 4516 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 NDUFA2-201ENST00000252102 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PXMP4-202ENST00000344022 989 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 GRAP-202ENST00000395635 834 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC136604.1-201ENST00000418535 575 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SLC25A30-AS1-201ENST00000506633 701 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 RNASEK-C17orf49-201ENST00000547302 900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ADAMTS7-201ENST00000388820 5490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 TADA1-201ENST00000367874 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 EPB41L3-204ENST00000540638 3370 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 TYRO3-201ENST00000263798 8207 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ARHGAP26-201ENST00000274498 6862 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 CCNI2-201ENST00000378731 2355 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.71■□□□□ 0.11
HOXC4P09017 COMMD5-203ENST00000450361 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms