Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PSMD8-209ENST00000602911 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TEFM-205ENST00000581216 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PLD3-206ENST00000409587 2180 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 DMRTC2-204ENST00000596827 1675 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PCBP3-204ENST00000400309 1986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 WDR25-202ENST00000402312 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ZNF419-205ENST00000424930 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SNX33P1-201ENST00000592116 1762 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MIB2-219ENST00000505820 3305 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MRFAP1-202ENST00000382581 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NUTM2F-202ENST00000341207 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NUTM2G-202ENST00000372322 2516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PEX13-202ENST00000401576 1108 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 OSM-202ENST00000403389 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 HIST3H2BA-201ENST00000436555 524 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FAM86LP-201ENST00000478302 853 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-223ENST00000599223 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 THAP4-206ENST00000612200 969 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 DEF6-201ENST00000316637 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 UBE2V2-205ENST00000521346 1322 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 NR2F1-201ENST00000327111 3732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MPV17L-201ENST00000287594 5820 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CHAD-201ENST00000258969 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 GSDMD-206ENST00000526406 2496 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SKOR1-203ENST00000554054 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 ABHD18-206ENST00000611882 1493 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 RIMS4-201ENST00000372851 5203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
CCDC9Q9Y3X0 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 EYA2-201ENST00000317304 1540 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 EIF2AK4-201ENST00000263791 5499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RALGPS1-208ENST00000424082 2362 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 HIST1H2AH-201ENST00000377459 387 ntAPPRIS P1 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 BLCAP-204ENST00000397135 685 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC018467.1-201ENST00000421581 717 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 OLR1-203ENST00000432556 950 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RAB11B-202ENST00000594216 894 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RPP40-207ENST00000618533 1056 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MAFF-201ENST00000338483 2490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 C18orf8-208ENST00000590868 2002 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PROC-201ENST00000234071 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ANKRD10-201ENST00000267339 2495 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TP53AIP1-205ENST00000531399 806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TUBB6-213ENST00000591909 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AGAP1-213ENST00000619456 1057 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 AMT-232ENST00000636199 1546 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
CCDC9Q9Y3X0 SLC22A18AS-203ENST00000625099 1659 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77 ms