Protein–RNA interactions for Protein: Q9NT62

ATG3, Ubiquitin-like-conjugating enzyme ATG3, humanhuman

Predictions only

Length 314 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG3Q9NT62 LILRA2-208ENST00000629481 661 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 OSBP2-211ENST00000446658 2836 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 RASSF1-205ENST00000395126 1657 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 COLQ-206ENST00000603808 1668 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 CLIP2-202ENST00000361545 5445 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 UBALD1-205ENST00000590891 2641 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 MEG3-206ENST00000423456 1771 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 SPC24-206ENST00000592540 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 PRSS36-207ENST00000569305 2723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 ATP6V0A2-201ENST00000330342 6542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 NFIX-210ENST00000588228 1692 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 UBE2G2-201ENST00000330942 721 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 MGST3-203ENST00000367885 680 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 ADAMTSL1-208ENST00000380570 931 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 ITIH1-202ENST00000405128 1122 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 AP001360.1-202ENST00000526934 479 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 LINC01887-202ENST00000584734 860 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 MALAT1-213ENST00000618227 593 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 B3GALNT1-202ENST00000392779 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 COBLL1-201ENST00000342193 4898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 JAK2-201ENST00000381652 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TUBB1P2-201ENST00000422712 1306 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TUBB1P1-201ENST00000503144 1300 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 NDUFA11-205ENST00000592634 2154 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 FBP1-203ENST00000415431 1487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 CDKN1A-202ENST00000373711 793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 Z82214.2-201ENST00000420269 531 ntTSL 4 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 AC136475.2-201ENST00000526612 392 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TAPBPL-205ENST00000544021 772 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 AC108134.3-202ENST00000571404 1207 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 U73166.1-201ENST00000439898 2625 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
ATG3Q9NT62 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 TRAF4-201ENST00000262395 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 NECAB1-201ENST00000417640 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 WASF1-205ENST00000392587 2675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 LGI3-201ENST00000306317 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 B9D2-201ENST00000243578 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RPL28-203ENST00000428193 573 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 DSCR3-207ENST00000476950 937 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RPL28-207ENST00000558815 616 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RN7SL219P-201ENST00000582872 296 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
ATG3Q9NT62 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms