Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYV6

TRIM55, Tripartite motif-containing protein 55, humanhuman

Predictions only

Length 548 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM55Q9BYV6 APPL1-201ENST00000288266 6058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 RCC2-202ENST00000375436 4087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 NEK11-210ENST00000510769 2149 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GRID2IP-201ENST00000435185 3215 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 RTN3-205ENST00000356000 2645 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC027601.1-201ENST00000575922 4506 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TSPAN5-201ENST00000305798 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 PIGW-204ENST00000614443 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CMTM2-202ENST00000379486 904 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TMEM128-202ENST00000382753 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SLC3A2-204ENST00000377891 2222 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GINS2-201ENST00000253462 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SAP130-201ENST00000259234 4140 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 COL5A1-208ENST00000618395 8437 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 NFE2L2-201ENST00000397062 2853 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CCDC85A-201ENST00000407595 3982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 H2BFM-201ENST00000355016 1882 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 C16orf70-208ENST00000569600 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 MROH1-201ENST00000326134 5183 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SQSTM1-213ENST00000510187 1714 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AVL9-201ENST00000318709 6982 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SLC39A1-201ENST00000310483 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 FBN2-205ENST00000508989 4987 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 INIP-202ENST00000374236 874 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 FLJ20021-201ENST00000527564 790 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 ACYP2-209ENST00000607452 831 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CCL3-204ENST00000613922 778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SYT5-207ENST00000590851 3619 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 EIF4G1-209ENST00000414031 5569 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 SPN-201ENST00000360121 6894 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 PSD4-201ENST00000245796 5188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 BRD2-202ENST00000374831 4807 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 KRT8P49-201ENST00000604166 1432 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 GRK5-202ENST00000392870 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC005906.2-217ENST00000639573 1711 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 AC126755.1-201ENST00000525846 6405 ntBASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC16.53■□□□□ 0.24
TRIM55Q9BYV6 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.2 ms