Protein–RNA interactions for Protein: P48742

LHX1, LIM/homeobox protein Lhx1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX1P48742 SCAF8-201ENST00000367178 5057 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CXorf38-201ENST00000327877 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 DEPTOR-203ENST00000523492 1397 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PICALM-219ENST00000532317 3474 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TSC2-204ENST00000401874 5421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 OASL-204ENST00000620239 1695 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC004987.2-201ENST00000395959 1148 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PAX5-207ENST00000446742 885 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AP006333.1-201ENST00000543817 575 ntTSL 4 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CCDC85C-204ENST00000555822 930 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC243562.2-201ENST00000561247 970 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AL136982.4-201ENST00000437689 1740 ntBASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 OAZ2-207ENST00000560258 1744 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 H2AFY-202ENST00000312469 1859 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CDH24-204ENST00000487137 3438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ST3GAL5-229ENST00000638986 2331 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ADAM10-205ENST00000461408 1932 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TOM1-204ENST00000411850 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TNFSF8-203ENST00000618336 1523 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PDZD8-201ENST00000334464 9699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ABHD10-201ENST00000273359 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 LINC01273-201ENST00000411453 685 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AL022316.1-201ENST00000428765 572 ntTSL 4 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ZNF346-202ENST00000503039 2774 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 RAB1B-202ENST00000527397 991 ntTSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CMKLR1-204ENST00000550402 1893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MIR3197-201ENST00000582241 73 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 LINC01775-201ENST00000587826 371 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TUBB3-201ENST00000315491 1769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 RDM1-227ENST00000619876 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MAN1C1-201ENST00000263979 2627 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 SUSD2-201ENST00000358321 3404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LHX1P48742 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 WASHC2C-209ENST00000540872 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ELN-207ENST00000380562 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MDM2-209ENST00000393412 1404 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 CHTOP-201ENST00000368686 2250 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PSMB8-203ENST00000395339 1025 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MIR4745-201ENST00000577608 62 ntBASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LHX1P48742 ZSWIM8-213ENST00000603114 5919 ntTSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.3 ms