Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 SCPEP1-201ENST00000262288 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PAX1-205ENST00000613128 5352 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 KMT5A-202ENST00000402868 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ZNF385C-205ENST00000618554 2596 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ITGA9-AS1-201ENST00000366441 895 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 MRPS12-203ENST00000407800 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 LINC02055-207ENST00000524346 706 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 BRSK1-202ENST00000326848 2095 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 RAP1GDS1-203ENST00000380158 2085 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 OCLN-202ENST00000396442 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 NRCAM-217ENST00000613830 3025 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 SEPT11-203ENST00000502584 2615 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ATP2C1-224ENST00000533801 3690 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PCBP4-202ENST00000355852 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PCDHGB2-202ENST00000622527 2588 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ZNF764-201ENST00000252797 2738 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AL391335.1-201ENST00000504583 535 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AC006116.8-201ENST00000587004 987 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PHKA1-204ENST00000373545 6173 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 GOLGA6L17P-202ENST00000614358 1398 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ATG13-216ENST00000530500 2030 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 SNCAIP-202ENST00000261368 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 RAP1GAP2-209ENST00000637138 3175 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
COL9A3Q14050 POMT2-201ENST00000261534 4876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 LONP1-213ENST00000590729 2626 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 CACFD1-206ENST00000540581 2880 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 CABP2-201ENST00000294288 925 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 MRPS18A-202ENST00000372133 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 FBLN7-204ENST00000409667 1124 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 AC211486.1-202ENST00000416371 468 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 AC211476.1-201ENST00000503899 468 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 CCDC74BP1-201ENST00000508880 1123 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 MTUS1-215ENST00000519066 567 ntTSL 4 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 INTS4P1-202ENST00000587624 2985 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 GMFG-207ENST00000598034 1028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
COL9A3Q14050 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
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