Protein–RNA interactions for Protein: O95484

CLDN9, Claudin-9, humanhuman

Predictions only

Length 217 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
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CLDN9O95484 CARD11-203ENST00000396946 4366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
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CLDN9O95484 VASP-201ENST00000245932 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
CLDN9O95484 CACNA1A-221ENST00000636012 7500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
CLDN9O95484 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
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