Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 GHDC-202ENST00000414034 2496 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 PKLR-201ENST00000342741 2083 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 SMARCA4-215ENST00000590574 5282 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 EML2-203ENST00000536630 2791 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 SSBP3-205ENST00000417664 1666 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 TRPM2-208ENST00000621064 1669 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
USP53Q70EK8 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CLYBL-203ENST00000376355 6771 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MB-201ENST00000359787 1170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MRNIP-202ENST00000376931 1004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MB-202ENST00000397326 1197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MB-203ENST00000397328 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RAB30-AS1-202ENST00000526795 567 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CSRP2-202ENST00000546966 754 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC022167.4-201ENST00000570290 498 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 LITAF-210ENST00000571976 548 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 LITAF-214ENST00000574703 486 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RN7SL828P-201ENST00000607615 303 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AL589739.1-201ENST00000607720 493 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AL035456.1-201ENST00000456064 1369 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 ARFGAP1-201ENST00000353546 2776 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 SLC35F3-202ENST00000366618 2891 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RHOF-201ENST00000267205 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MYOD1-201ENST00000250003 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 NBL1-213ENST00000622566 2109 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 INPP5J-202ENST00000400294 2393 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 ASMT-201ENST00000381229 1087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 FLG-AS1-204ENST00000420707 906 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 IQCF3-201ENST00000437810 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC103957.2-201ENST00000521218 510 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 LINC00473-203ENST00000581850 929 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC026803.2-201ENST00000599784 819 ntTSL 3 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 DZANK1-202ENST00000329494 1389 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HGS-201ENST00000329138 2970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 AC022144.1-201ENST00000602255 1580 ntBASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 VEGFA-205ENST00000372067 3535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
USP53Q70EK8 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.82■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.2 ms