Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 TM4SF19-201ENST00000273695 1022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RHCE-205ENST00000349438 1235 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 APOA1-205ENST00000375329 927 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 GZMB-202ENST00000382540 816 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL162742.1-201ENST00000434792 954 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TNFRSF14-AS1-206ENST00000452793 569 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IFI27L1-210ENST00000556381 804 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C2orf69P2-201ENST00000562032 1123 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC025048.3-201ENST00000590609 569 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ANXA2R-202ENST00000616064 1265 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC005702.4-201ENST00000618393 416 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PHYH-202ENST00000396913 1732 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 GMPR2-217ENST00000559104 1719 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FAM213B-205ENST00000444521 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 POM121C-208ENST00000615331 5835 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FERMT2-204ENST00000399304 2082 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PCCA-203ENST00000376286 2481 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MAPKAPK2-202ENST00000367103 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RFC5-204ENST00000454402 1655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P13-201ENST00000463294 1010 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PGAP2-209ENST00000464261 830 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D16-203ENST00000570373 961 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IGFLR1-211ENST00000592889 782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ACSF2-201ENST00000300441 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SERPINE2-201ENST00000258405 2195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 RAB3IP-207ENST00000483530 1755 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DCLK1-203ENST00000379892 2101 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FAM49B-224ENST00000522941 1700 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SMOX-205ENST00000379460 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 ULBP2-201ENST00000367351 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC099850.1-201ENST00000451775 1338 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TAL1-201ENST00000294339 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PTP4A3-202ENST00000349124 2710 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 BOD1L2-201ENST00000585477 3239 ntAPPRIS P1 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 PPP2R2C-209ENST00000515571 1832 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 EVX2-201ENST00000308618 4203 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 COX6A2-201ENST00000287490 440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AGER-203ENST00000375065 665 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 C1orf159-201ENST00000379319 1097 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 HOXC-AS3-201ENST00000509870 544 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AKIP1-210ENST00000534147 1022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC026495.1-203ENST00000557528 906 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AC036164.1-201ENST00000570544 333 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 TUBB6-203ENST00000586653 788 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 FBXL12-211ENST00000591009 1005 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 AL121944.1-201ENST00000605945 686 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 HPN-202ENST00000392226 1783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 IRF1-202ENST00000405885 2061 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC9Q9Y3X0 GPT-202ENST00000394955 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.5 ms