Protein–RNA interactions for Protein: Q99567

NUP88, Nuclear pore complex protein Nup88, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 741 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP88Q99567 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 BCL11B-202ENST00000357195 7559 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 DYNC1I1-212ENST00000630942 2249 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 KLC1-212ENST00000553286 3135 ntTSL 5 BASIC19.16■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TMEM147-AS1-203ENST00000589137 1627 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 L2HGDH-202ENST00000267436 6414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 BICD2-201ENST00000356884 6427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TGIF1-205ENST00000401449 1670 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 C1QTNF1-202ENST00000339142 3100 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 FAM221A-202ENST00000409192 888 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SNHG11-207ENST00000434729 1058 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TSC22D3-213ENST00000506081 956 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RAB33B-201ENST00000305626 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 KCMF1-201ENST00000409785 7568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 KDM6B-202ENST00000448097 5422 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 ZFP1-209ENST00000570010 1457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC19.15■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC19.14■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 NFATC4-231ENST00000557451 5613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CDS1-201ENST00000295887 4461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.66
NUP88Q99567 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 NSMCE3-201ENST00000332303 4838 ntAPPRIS P1 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SYNC-202ENST00000409190 3398 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 ADARB1-202ENST00000360697 6604 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 EIF5A-201ENST00000336452 1256 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 C6orf47-AS1-203ENST00000422049 673 ntTSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 HNRNPA1P40-201ENST00000426371 1278 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 AL139011.1-202ENST00000642063 584 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 OTOL1-201ENST00000327928 1434 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 CKMT2-202ENST00000424301 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 GGT4P-201ENST00000623672 1708 ntBASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 ZNF786-201ENST00000316286 3144 ntTSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.14■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 ABCC5-203ENST00000382494 1923 ntTSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 PODNL1-202ENST00000339560 2165 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 LMF1-201ENST00000262301 2621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 FSCN1-201ENST00000382361 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 SBSPON-201ENST00000297354 3801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.13■□□□□ 0.65
NUP88Q99567 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.13■□□□□ 0.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.5 ms