Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 SEMA4F-210ENST00000611975 6007 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NSFL1C-201ENST00000216879 3568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 VIPR1-217ENST00000543411 2681 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 PIAS4-201ENST00000262971 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SH3BP5-202ENST00000383791 2822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 TCEAL2-202ENST00000372780 1100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 HDAC8-206ENST00000373571 2133 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 TNNT3-203ENST00000381557 1019 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 HCG4-201ENST00000418983 998 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 HCG4B-203ENST00000450128 991 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 BARX1-AS1-202ENST00000454594 307 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 BATF2-204ENST00000527716 1230 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 AC145285.3-201ENST00000564603 959 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MIR4492-201ENST00000581627 80 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 ACY1-212ENST00000635797 1294 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 ATE1-209ENST00000543447 4826 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SLC25A22-201ENST00000320230 2796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SERF2-203ENST00000381359 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SPAG9-222ENST00000618113 8246 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SBF1-201ENST00000348911 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NUP50-202ENST00000396096 1895 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 ACTG1-208ENST00000575087 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 OTULIN-201ENST00000284274 7800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 TBC1D10C-203ENST00000526387 1520 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 WDR90-209ENST00000547944 1672 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CD93-201ENST00000246006 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 BCL2L11-219ENST00000619294 5132 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NDFIP2-201ENST00000218652 4625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SRD5A2-201ENST00000622030 4648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 GLMP-201ENST00000362007 1604 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 DDX19B-204ENST00000451014 1608 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 HARS-203ENST00000431330 1774 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 PLEKHG3-202ENST00000394691 4397 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SURF4-208ENST00000613129 3148 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MAMLD1-203ENST00000370401 4854 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 OSBPL1A-203ENST00000399441 1887 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 PLA2G16-203ENST00000415826 1099 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MRPL49-203ENST00000526171 501 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NME4-212ENST00000621774 904 ntTSL 3 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 PLA2G16-206ENST00000639271 957 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 IL12RB2-201ENST00000262345 4040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CD276-213ENST00000561213 2690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 RAPGEFL1-209ENST00000544503 2079 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
RFX3P48380 MYB-209ENST00000442647 3304 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 ZSCAN10-201ENST00000252463 2463 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SLC9A3P2-201ENST00000447821 2021 ntBASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 XRCC3-209ENST00000554913 2539 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 LRRC59-201ENST00000225972 2910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 AC091980.2-201ENST00000619056 2775 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 INO80-201ENST00000361937 6439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 AIFM1-202ENST00000319908 2248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 FOLH1-201ENST00000256999 2635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 NDUFA3-201ENST00000303553 379 ntTSL 2 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC15.46■□□□□ 0.07
RFX3P48380 RNF212-203ENST00000433731 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.46■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.3 ms