Protein–RNA interactions for Protein: P09017

HOXC4, Homeobox protein Hox-C4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 264 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC4P09017 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LINC00266-1-201ENST00000279067 928 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 RAD51D-205ENST00000460118 1064 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC135586.1-201ENST00000539323 574 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 RBP1-207ENST00000619087 516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 IFFO1-211ENST00000615885 2775 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MAGEA2-207ENST00000620710 1947 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 WDFY4-202ENST00000360890 2193 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 CYP21A2-221ENST00000418967 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MEGF9-201ENST00000373930 6298 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 UBR3-203ENST00000418381 7951 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 TAGLN3-202ENST00000393917 1488 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 DUSP13-203ENST00000372702 1778 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ZSCAN18-208ENST00000595944 1768 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 EIF2B4-212ENST00000622434 1771 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LCE5A-201ENST00000334269 819 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC139713.2-206ENST00000499587 566 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ZNF710-AS1-201ENST00000558334 1168 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ATG5-210ENST00000636437 2261 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SLC43A3-203ENST00000395124 2617 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 FAM222B-211ENST00000582266 2613 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 PFDN4-201ENST00000371419 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SLC17A3-202ENST00000360657 1750 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 PEPD-202ENST00000397032 1754 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AL139384.1-201ENST00000612143 3047 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LTA-214ENST00000454783 1507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 UBB-201ENST00000302182 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MRPL13-201ENST00000306185 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 IDH3B-202ENST00000380851 1230 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 LEPROTL1-202ENST00000442880 908 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 IGFBP2-204ENST00000456764 846 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AP002008.1-201ENST00000530283 1155 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXC4P09017 AC027307.3-201ENST00000594262 1100 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.2 ms