Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ABLIM2-202ENST00000361581 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ZNF114-204ENST00000595607 2478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PSMD6-210ENST00000492933 1495 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SRSF2-203ENST00000392485 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SPCS2-201ENST00000263672 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 EED-202ENST00000327320 2033 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NRG2-209ENST00000541337 3723 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 IGF2-204ENST00000381406 5179 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CENPM-204ENST00000402420 688 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 LMX1B-203ENST00000526117 1195 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 IER2-202ENST00000587885 1291 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 FAM215A-202ENST00000632077 792 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 FRMD5-202ENST00000417257 5011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 COMP-201ENST00000222271 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 KCNJ10-208ENST00000639408 1546 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AICDA-201ENST00000229335 2819 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ADGRB2-201ENST00000373655 5400 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC068944.1-201ENST00000514855 1604 ntTSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PSD-209ENST00000611678 3382 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TACC1-202ENST00000317827 7802 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ZSWIM8-223ENST00000605216 6004 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ALDH3A2-225ENST00000630662 1558 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PACRGL-202ENST00000360916 2073 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 LGALS12-201ENST00000255684 1667 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PRPH-201ENST00000257860 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AF186996.4-201ENST00000467186 377 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SLC25A6P4-201ENST00000586535 553 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SMIM20-205ENST00000614775 1190 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC008735.5-201ENST00000623544 497 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ITGA3-202ENST00000320031 4888 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CPEB2-AS1-201ENST00000500394 1630 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ZNF644-201ENST00000337393 5763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ARMC5-204ENST00000538189 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SLC39A1-202ENST00000356205 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TEX19-201ENST00000333437 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PLCD3-212ENST00000619929 6107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 HMOX2-204ENST00000414777 1752 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CCDC28B-202ENST00000421922 1415 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PITHD1-201ENST00000246151 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 DCTN3-201ENST00000259632 808 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 AMACR-208ENST00000512079 858 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MAP1LC3B-207ENST00000565788 625 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CCDC106-206ENST00000591241 1153 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 TERC-201ENST00000602385 541 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 CAP2-202ENST00000378990 1812 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 HCK-209ENST00000538448 2215 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 MTA2-201ENST00000278823 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 ATP6V0A4-201ENST00000310018 3135 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
BRPF3Q9ULD4 GABRG3-206ENST00000555083 1405 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.9 ms