Protein–RNA interactions for Protein: P29074

PTPN4, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 4, humanhuman

Predictions only

Length 926 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN4P29074 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 POM121C-206ENST00000607367 3690 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 POM121-203ENST00000434423 3750 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ASIC1-202ENST00000447966 3778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ZHX1-C8orf76-201ENST00000357082 1257 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 DPM3-203ENST00000368400 409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AFG3L1P-210ENST00000431757 569 ntTSL 4 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 KRT18P3-201ENST00000451602 1288 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SMIM27-204ENST00000453396 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC104758.1-202ENST00000568184 602 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 MIR1199-201ENST00000621445 119 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ACTRT2-201ENST00000378404 1421 ntAPPRIS P1 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 USHBP1-203ENST00000431146 2136 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 MRFAP1-205ENST00000617365 2112 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 RFPL2-203ENST00000400237 2407 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC010642.2-201ENST00000634676 2413 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 NAA30-204ENST00000556492 7644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SSH3-203ENST00000376757 2990 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC012313.3-202ENST00000599109 3322 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 NPHP4-211ENST00000622020 3004 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PRKD2-214ENST00000600194 2923 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 BCL11A-203ENST00000358510 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PA2G4-201ENST00000303305 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SMAP1-201ENST00000316999 2403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 RCAN3-210ENST00000618490 2386 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AGPAT1-202ENST00000375104 2017 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ZNF580-202ENST00000543039 1707 ntAPPRIS P1 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SERPINF2-203ENST00000450523 1462 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 WDR45-206ENST00000376368 1381 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 GRM5-203ENST00000393294 1268 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 C21orf33-205ENST00000427803 1077 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 HAGH-208ENST00000566709 1291 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 DACH1-203ENST00000619232 2986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AC019205.2-202ENST00000441363 2403 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PLXND1-201ENST00000324093 7094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 MSI2-201ENST00000284073 6364 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 KCNQ2-204ENST00000359125 3253 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 FRMPD4-201ENST00000380682 8465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ATP2A3-206ENST00000397043 3197 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 TRA2B-205ENST00000453386 2952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AP004609.1-201ENST00000498872 1646 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 C15orf52-202ENST00000397536 4717 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PLXNB3-201ENST00000361971 6146 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 DAP-201ENST00000230895 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 C14orf93-202ENST00000341470 2221 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 GRB7-205ENST00000445327 2197 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 HSPB1-201ENST00000248553 909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
PTPN4P29074 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms