Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXE4

SMPD4, Sphingomyelin phosphodiesterase 4, humanhuman

Predictions only

Length 827 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMPD4Q9NXE4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
SMPD4Q9NXE4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SMPD4Q9NXE4 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
SMPD4Q9NXE4 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms