Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 GRIN1-208ENST00000371561 5149 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
DDX28Q9NUL7 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 KLC1-205ENST00000380038 2322 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 DLEU2-208ENST00000621282 3068 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 PARD3-210ENST00000374794 5669 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
DDX28Q9NUL7 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
DDX28Q9NUL7 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.1 ms