Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TRERF1Q96PN7 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.41■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TRERF1Q96PN7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
TRERF1Q96PN7 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TRERF1Q96PN7 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC27.31■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.8 ms