Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.41■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.4■□□□□ 0.54
CCDC140Q96MF4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.39■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RHOF-203ENST00000537171 1485 ntTSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.38■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.37■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC18.36■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC18.35■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC140Q96MF4 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC140Q96MF4 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms