Protein–RNA interactions for Protein: Q2UY09

COL28A1, Collagen alpha-1(XXVIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,125 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL28A1Q2UY09 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC22.8■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.78■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
COL28A1Q2UY09 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.23
COL28A1Q2UY09 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL28A1Q2UY09 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms