Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CLN3Q13286 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CLN3Q13286 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
CLN3Q13286 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
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