Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.66■■■■■ 4.1
CUX1P39880 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC40.66■■■■■ 4.1
CUX1P39880 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC40.66■■■■■ 4.1
CUX1P39880 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC40.65■■■■■ 4.1
CUX1P39880 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.65■■■■■ 4.1
CUX1P39880 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.64■■■■■ 4.1
CUX1P39880 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC40.64■■■■■ 4.1
CUX1P39880 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC40.64■■■■■ 4.1
CUX1P39880 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.64■■■■■ 4.1
CUX1P39880 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC40.64■■■■■ 4.1
CUX1P39880 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.63■■■■■ 4.1
CUX1P39880 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.63■■■■■ 4.09
CUX1P39880 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.62■■■■■ 4.09
CUX1P39880 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.62■■■■■ 4.09
CUX1P39880 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC40.62■■■■■ 4.09
CUX1P39880 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC40.62■■■■■ 4.09
CUX1P39880 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC40.62■■■■■ 4.09
CUX1P39880 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC40.62■■■■■ 4.09
CUX1P39880 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.6■■■■■ 4.09
CUX1P39880 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.6■■■■■ 4.09
CUX1P39880 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC40.6■■■■■ 4.09
CUX1P39880 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC40.6■■■■■ 4.09
CUX1P39880 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.59■■■■■ 4.09
CUX1P39880 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC40.59■■■■■ 4.09
CUX1P39880 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC40.59■■■■■ 4.09
CUX1P39880 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC40.59■■■■■ 4.09
CUX1P39880 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC40.58■■■■■ 4.09
CUX1P39880 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.58■■■■■ 4.09
CUX1P39880 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC40.57■■■■■ 4.09
CUX1P39880 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC40.57■■■■■ 4.09
CUX1P39880 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC40.57■■■■■ 4.09
CUX1P39880 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.57■■■■■ 4.08
CUX1P39880 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC40.57■■■■■ 4.08
CUX1P39880 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC40.57■■■■■ 4.08
CUX1P39880 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
CUX1P39880 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC40.56■■■■■ 4.08
CUX1P39880 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
CUX1P39880 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC40.56■■■■■ 4.08
CUX1P39880 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC40.55■■■■■ 4.08
CUX1P39880 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC40.55■■■■■ 4.08
CUX1P39880 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.54■■■■■ 4.08
CUX1P39880 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
CUX1P39880 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.52■■■■■ 4.08
CUX1P39880 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC40.52■■■■■ 4.08
CUX1P39880 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC40.52■■■■■ 4.08
CUX1P39880 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
CUX1P39880 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.51■■■■■ 4.08
CUX1P39880 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.5■■■■■ 4.07
CUX1P39880 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC40.5■■■■■ 4.07
CUX1P39880 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC40.5■■■■■ 4.07
CUX1P39880 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC40.5■■■■■ 4.07
CUX1P39880 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.5■■■■■ 4.07
CUX1P39880 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.5■■■■■ 4.07
CUX1P39880 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC40.49■■■■■ 4.07
CUX1P39880 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC40.48■■■■■ 4.07
CUX1P39880 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC40.48■■■■■ 4.07
CUX1P39880 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.48■■■■■ 4.07
CUX1P39880 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
CUX1P39880 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC40.47■■■■■ 4.07
CUX1P39880 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC40.47■■■■■ 4.07
CUX1P39880 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC40.46■■■■■ 4.07
CUX1P39880 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.46■■■■■ 4.07
CUX1P39880 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC40.46■■■■■ 4.07
CUX1P39880 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC40.46■■■■■ 4.07
CUX1P39880 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.45■■■■■ 4.07
CUX1P39880 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CUX1P39880 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.45■■■■■ 4.07
CUX1P39880 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
CUX1P39880 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC40.44■■■■■ 4.06
CUX1P39880 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC40.44■■■■■ 4.06
CUX1P39880 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.44■■■■■ 4.06
CUX1P39880 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC40.43■■■■■ 4.06
CUX1P39880 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.43■■■■■ 4.06
CUX1P39880 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC40.42■■■■■ 4.06
CUX1P39880 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC40.42■■■■■ 4.06
CUX1P39880 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.42■■■■■ 4.06
CUX1P39880 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC40.42■■■■■ 4.06
CUX1P39880 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC40.42■■■■■ 4.06
CUX1P39880 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC40.41■■■■■ 4.06
CUX1P39880 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC40.4■■■■■ 4.06
CUX1P39880 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC40.4■■■■■ 4.06
CUX1P39880 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC40.4■■■■■ 4.06
CUX1P39880 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC40.4■■■■■ 4.06
CUX1P39880 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
CUX1P39880 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC40.39■■■■■ 4.06
CUX1P39880 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC40.38■■■■■ 4.06
CUX1P39880 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC40.38■■■■■ 4.06
CUX1P39880 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC40.38■■■■■ 4.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.8 ms