Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ESM1-201ENST00000381403 1326 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CIB3-201ENST00000269878 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CEND1P1-201ENST00000451006 455 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C5orf66-202ENST00000507641 547 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CCND1-203ENST00000536559 553 ntTSL 3 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 DUX4L17-201ENST00000557360 1267 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CLN3-255ENST00000637100 1284 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ASAP3-212ENST00000618240 2226 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 EFR3B-203ENST00000402191 3685 ntTSL 5 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ELAC2-203ENST00000426905 2671 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 HNRNPRP1-201ENST00000453465 1695 ntBASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SPG11-215ENST00000559193 2579 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TVP23B-202ENST00000476139 2989 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ADRA2A-201ENST00000280155 3745 ntAPPRIS P1 BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.04■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NAT9-210ENST00000580301 1860 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PTPRS-205ENST00000588012 5993 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PROSER1-211ENST00000625998 5102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TSPOAP1-202ENST00000343736 5947 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SCP2-204ENST00000407246 2239 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 EPB41L3-203ENST00000400111 4259 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PDCD2L-201ENST00000246535 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FGFBP2-201ENST00000259989 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 DUSP12-201ENST00000367943 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 GYG2P1-204ENST00000382966 639 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 ODF3B-204ENST00000405135 917 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TMEM220-203ENST00000578345 559 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AL513190.1-201ENST00000621254 727 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 BAG5-202ENST00000337322 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TMEM184A-201ENST00000297477 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SKP2-201ENST00000274254 1537 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PIGT-221ENST00000638594 1835 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 TMED7-TICAM2-201ENST00000282382 3491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MAPT-201ENST00000262410 6762 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SLC6A2-209ENST00000568943 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KDM4B-203ENST00000536461 5027 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 EHD3-201ENST00000322054 4636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 WDR20-211ENST00000556807 2382 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 STPG3-AS1-201ENST00000612170 1701 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CUX1-213ENST00000549414 4452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 SLC4A3-201ENST00000273063 4246 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC092474.2-201ENST00000424288 719 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 LHX6-205ENST00000464484 666 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
VPS4AQ9UN37 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.1 ms