Protein–RNA interactions for Protein: P53609

PGGT1B, Geranylgeranyl transferase type-1 subunit beta, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PGGT1BP53609 GPER1-206ENST00000617001 1900 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 LINGO1-201ENST00000355300 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 JRK-203ENST00000571961 2687 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SPATS2L-202ENST00000360760 2119 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PPIE-208ENST00000470213 927 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SPINT1-AS1-203ENST00000565315 629 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 STX10-204ENST00000587230 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PRKN-208ENST00000610470 531 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PRKN-209ENST00000612485 225 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 AC141586.1-201ENST00000399702 2748 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 NAGK-208ENST00000455662 1778 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SURF4-202ENST00000371989 2984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 TFPI2-201ENST00000222543 2444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CALHM2-202ENST00000369788 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 MICA-209ENST00000449934 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 MAP3K11-201ENST00000309100 3566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 AP2S1-202ENST00000352203 793 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SUMF2-203ENST00000395435 1287 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CLDN14-205ENST00000399139 1231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 WDR53-204ENST00000433160 887 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CD99L2-206ENST00000466436 988 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 OVCA2-201ENST00000572195 1122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 AC040963.1-202ENST00000589729 644 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 AP2S1-204ENST00000597020 707 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 AC010654.1-201ENST00000615722 808 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 STAT1-202ENST00000392322 2716 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SORT1-201ENST00000256637 7028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 AFAP1L2-202ENST00000369271 3964 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 HLA-A-201ENST00000376802 1334 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SEMA4C-201ENST00000305476 3545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ZFP90-203ENST00000563169 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 SLC25A35-205ENST00000580340 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CCDC155-201ENST00000447857 2378 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC16.4■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 MEIS3-210ENST00000561096 1883 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.22
PGGT1BP53609 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 SALL4-203ENST00000395997 1918 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 RTEL1-TNFRSF6B-202ENST00000482936 4931 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 CD8A-201ENST00000283635 2873 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 MIR155HG-201ENST00000456917 1600 ntTSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 EML3-202ENST00000394773 3256 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 LAMTOR5-201ENST00000256644 868 ntTSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.21
PGGT1BP53609 LINC01503-203ENST00000436710 901 ntTSL 3 BASIC16.39■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.4 ms