Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z3B4

NUP54, Nucleoporin p54, humanhuman

Predictions only

Length 507 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUP54Q7Z3B4 HMGA2-210ENST00000541363 8094 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SIN3B-202ENST00000379803 5129 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AL603756.1-201ENST00000606511 2163 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AIFM3-201ENST00000399163 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PFN4-201ENST00000313213 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ANAPC11-201ENST00000344877 918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TSTD1-203ENST00000368024 457 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 MEAF6-202ENST00000373073 603 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TTC31-205ENST00000442235 958 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC087276.3-201ENST00000526220 787 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 MCF2L2-201ENST00000328913 4980 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 HYAL3-207ENST00000621157 1696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 RAD1-208ENST00000628399 1678 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 DYNLL2-201ENST00000579991 6805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TULP2-201ENST00000221399 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ATP6V1E1-201ENST00000253413 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 COQ7-201ENST00000321998 2657 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SLC5A2-201ENST00000330498 2271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CNPPD1-201ENST00000360507 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SH2D2A-202ENST00000368199 1658 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 NTNG1-203ENST00000370066 1443 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SUMO1-201ENST00000392244 831 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 POLR3D-202ENST00000397802 5494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 MECP2-203ENST00000407218 1174 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SUMO1-209ENST00000409712 761 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 LINC01842-201ENST00000588275 768 ntTSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 FXYD1-208ENST00000589209 428 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC010618.3-201ENST00000596643 775 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC010624.2-201ENST00000600998 575 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 NBPF9-207ENST00000615421 5835 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PTPN21-201ENST00000328736 6089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SLC52A1-202ENST00000424747 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TINF2-208ENST00000558566 1874 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TNR-201ENST00000263525 5190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 ACP5-212ENST00000592828 1699 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 MAGEF1-201ENST00000317897 1636 ntAPPRIS P1 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 TNXB-208ENST00000611016 6083 ntTSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 IGSF11-209ENST00000491903 1487 ntTSL 2 BASIC15.29■□□□□ 0.04
NUP54Q7Z3B4 SPSB1-202ENST00000357898 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.29■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms