Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CORO6-210ENST00000580212 2345 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 BCL2L12-202ENST00000246785 1431 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LINC00963-208ENST00000454968 1403 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RAB22A-201ENST00000244040 8670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CCDC91-220ENST00000545336 2738 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 STAC3-206ENST00000554578 1580 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 DMRT2-202ENST00000302441 1495 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TRIM74-202ENST00000395244 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TEX48-201ENST00000436752 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TRIM73-204ENST00000447409 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RN7SL837P-201ENST00000463010 287 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 GLI4-203ENST00000517468 963 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC055876.2-201ENST00000531834 546 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC087386.1-201ENST00000553658 572 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC005253.2-201ENST00000593791 432 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TEX48-202ENST00000612244 662 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 NKIRAS1-206ENST00000425478 2014 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PRKCB-202ENST00000321728 2689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ITGA8-201ENST00000378076 6755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 FOXD4L1-201ENST00000306507 2491 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CCDC157-201ENST00000338306 3001 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC108860.2-201ENST00000562760 2183 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PSMC3-201ENST00000298852 1544 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SALL3-202ENST00000537592 6555 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 DIABLO-203ENST00000353548 1345 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PARD3-205ENST00000374773 3420 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HS3ST2-201ENST00000261374 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HHATL-201ENST00000310417 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HDAC10-205ENST00000448072 2133 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 NFIC-201ENST00000341919 1573 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 FAHD2B-202ENST00000414820 1388 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LIMS2-217ENST00000545738 1730 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PIGT-257ENST00000640210 1715 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RPS5-201ENST00000196551 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AC011476.2-201ENST00000585492 1271 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SIGLEC29P-201ENST00000599873 1114 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TAMM41-212ENST00000630288 607 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CTSB-220ENST00000531089 1436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 NOMO2-202ENST00000381474 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 GRAMD2B-218ENST00000542322 2977 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SLC1A4-201ENST00000234256 4561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TMPRSS9-205ENST00000613480 2568 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
CLN3Q13286 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
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