Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 LAMTOR5-206ENST00000602318 634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 CLEC11A-203ENST00000617718 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 GCK-209ENST00000616242 2260 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 CYP2R1-201ENST00000334636 2235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 TSNARE1-205ENST00000520166 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 WDR74-204ENST00000525239 1736 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 FBLIM1-202ENST00000375766 3695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 CDKN1A-201ENST00000244741 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 SLC25A45-201ENST00000294187 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 BPTF-202ENST00000321892 11292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 DIXDC1-201ENST00000440460 5897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RIMS3-202ENST00000372684 7235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 ACOT12-201ENST00000307624 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 IKBKE-204ENST00000584998 2487 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 STXBP1-216ENST00000636962 2918 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 SYNDIG1L-202ENST00000554823 2420 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 ING5-213ENST00000636051 4199 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 SURF6-201ENST00000372022 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 ILDR1-203ENST00000393631 1456 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 TSPAN4-205ENST00000397406 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 BCAT2-209ENST00000599246 1449 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RANBP3-201ENST00000034275 1762 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RBM12-201ENST00000359646 5332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 HMGN1-204ENST00000380749 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 PI4KAP1-204ENST00000612579 1703 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 PTHLH-203ENST00000395872 1318 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 PIGQ-201ENST00000026218 2846 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 STKLD1-201ENST00000371957 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 GHSR-201ENST00000241256 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RAB17-203ENST00000409576 466 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 CAPG-203ENST00000409670 1183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 DYNC1LI2-202ENST00000440564 1145 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 PAWRP1-201ENST00000451083 565 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 MPIG6B-210ENST00000480039 790 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 AP000688.1-201ENST00000535199 1221 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 L2HGDH-205ENST00000555423 841 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 RNF151-202ENST00000569210 853 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 AC004706.3-202ENST00000621574 984 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 KCNS1-201ENST00000306117 4538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
KLHL28Q9NXS3 C2orf54-203ENST00000402775 1958 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 ME2P1-201ENST00000426028 1970 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 DCAF17-202ENST00000375255 5828 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 DCST1-201ENST00000295542 2279 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 ALOX12P2-203ENST00000570921 1945 ntBASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 IRF2BP2-202ENST00000366610 4615 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 PTGDR2-201ENST00000332539 2895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 KDM3A-201ENST00000312912 4886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 FOXN1-203ENST00000579795 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 F7-201ENST00000346342 2409 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 MBD1-224ENST00000591416 4905 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 TMEM177-201ENST00000272521 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 CPSF4-201ENST00000292476 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 BX088651.4-201ENST00000435586 2579 ntTSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 CCT6A-202ENST00000335503 2529 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 JKAMP-202ENST00000356057 2524 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 CCNC-209ENST00000520371 2186 ntTSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 TMC3-AS1-203ENST00000559781 2195 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 MIB2-202ENST00000378708 3012 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 CDC42EP4-201ENST00000335793 3272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 ZNF804B-201ENST00000333190 4659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC15.51■□□□□ 0.07
KLHL28Q9NXS3 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC15.51■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.6 ms