Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 RHBG-204ENST00000537040 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LINC00336-201ENST00000477984 2107 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 IGF2-205ENST00000416167 5585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 EIF4A3-201ENST00000269349 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CKLF-203ENST00000351137 508 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TNNC2-201ENST00000372555 710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC002472.2-201ENST00000442739 958 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 PPP6R2P1-201ENST00000450880 1275 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 RDH13-223ENST00000610356 1931 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ELOVL7-205ENST00000508821 3994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC16.03■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ARHGAP22-205ENST00000417912 2352 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CACNA1A-214ENST00000614285 8410 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LINC00895-201ENST00000629028 1637 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TUBB8P12-201ENST00000308911 1335 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TUBB7P-202ENST00000428444 1305 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 TUBB8P7-204ENST00000567960 1332 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SGSM2-202ENST00000426855 4734 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 CCNL1-201ENST00000295925 549 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 C2orf88-205ENST00000443551 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AL512638.1-201ENST00000457493 794 ntBASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 AC092691.1-201ENST00000484092 554 ntTSL 4 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 GSTO1-207ENST00000539281 1052 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ASXL1-206ENST00000542461 1068 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 LPAR5-202ENST00000431922 2695 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.16
USP53Q70EK8 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 CROCCP1-201ENST00000426910 5675 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AC105020.1-201ENST00000435356 2205 ntBASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 NR2E1-202ENST00000368986 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 CPSF6-203ENST00000456847 1915 ntTSL 5 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC16.02■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 BCL2L12-203ENST00000441864 1371 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 EVPLL-201ENST00000399134 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 CLPP-201ENST00000245816 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 U52111.1-201ENST00000434284 914 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AC097493.3-201ENST00000509725 367 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 RN7SL204P-201ENST00000582831 262 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 IER3IP1-202ENST00000639845 832 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 FICD-204ENST00000552695 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 TRAM1-201ENST00000262213 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 AC006974.1-201ENST00000637928 1501 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
USP53Q70EK8 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.1 ms