Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HRCT1-201ENST00000354323 950 ntAPPRIS P1 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 STMN1-204ENST00000426559 948 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PKD2-202ENST00000502363 1222 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RAB35-202ENST00000534951 939 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CDK4-206ENST00000549606 558 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC243562.3-201ENST00000559866 1212 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 VAT1-205ENST00000587173 1174 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FUT3-202ENST00000458379 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 BEX4-202ENST00000372695 1328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 UBXN1-201ENST00000294119 1291 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 DFFBP1-201ENST00000433250 979 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL451067.1-201ENST00000453111 394 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GNG4-205ENST00000484517 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SRP9-204ENST00000619790 377 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ZNF655-225ENST00000626122 705 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC007541.1-201ENST00000570282 1469 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PHF23-202ENST00000454255 1662 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 TLE6-202ENST00000452088 1883 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PTOV1-219ENST00000601638 1413 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 RABEP2-202ENST00000358201 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 KIAA0895-207ENST00000436884 1952 ntTSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CYP4F24P-201ENST00000586049 1580 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GBGT1-204ENST00000372043 1935 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CALCR-207ENST00000426151 1741 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FHL2-205ENST00000393353 1531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CD300A-202ENST00000360141 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 GNAQP1-201ENST00000444815 1067 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 FAM92A-214ENST00000522324 1072 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AL132655.2-201ENST00000596276 594 ntBASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
TRIM28Q13263 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 CNNM3-201ENST00000305510 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RCC1-202ENST00000373832 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 UNC5D-202ENST00000404895 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SEPHS2-201ENST00000478753 2551 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 COL9A1-201ENST00000320755 3059 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PRSS23-201ENST00000280258 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SNAP23-201ENST00000249647 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TBX2-201ENST00000240328 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SGPP2-201ENST00000321276 3336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SNAP47-213ENST00000617596 1905 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 TLE2-201ENST00000262953 2705 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EFNA4-201ENST00000359751 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EDF1-203ENST00000371649 790 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ING1-204ENST00000375775 1074 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 COX5BP8-201ENST00000416911 349 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 EEF1DP4-201ENST00000446006 880 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC245100.5-201ENST00000452108 331 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SPDYE18-201ENST00000510091 1050 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 RPL10P19-202ENST00000520582 722 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LACTB2-203ENST00000522447 1034 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SPATA8-AS1-201ENST00000558722 465 ntTSL 3 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC20.32■□□□□ 0.84
TRIM28Q13263 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC20.32■□□□□ 0.84
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