Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AL161781.2-201ENST00000509911 739 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RNA5SP412-201ENST00000516234 123 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CHPF-201ENST00000243776 3013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SLC12A4-201ENST00000316341 4765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 DNAJA3-203ENST00000431375 2294 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PHC1-212ENST00000543824 4292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GMDS-AS1-201ENST00000456943 2308 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GGT6-203ENST00000573591 1730 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PTK6-201ENST00000217185 2401 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 UMOD-202ENST00000396134 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PCCB-201ENST00000251654 1833 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 P2RX6-201ENST00000401443 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CMTM3-214ENST00000567572 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RAPGEF5-203ENST00000405243 2800 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PXK-206ENST00000463280 2825 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SPEG-202ENST00000396686 1086 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 P3H2-AS1-201ENST00000412203 730 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC009163.2-201ENST00000460606 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 IL32-211ENST00000525643 1272 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 IL32-213ENST00000528163 950 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC009093.8-202ENST00000562902 677 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RARRES2P5-201ENST00000564013 466 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RPS15-212ENST00000593052 629 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GLCCI1-201ENST00000223145 4743 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RAB11FIP2-202ENST00000369199 6119 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 GGA1-203ENST00000343632 3159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 DNAH14-206ENST00000400952 1984 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 THOP1-201ENST00000307741 4804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 P4HA2-201ENST00000166534 2230 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 HIPK1-207ENST00000369561 3777 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 QPRT-202ENST00000395384 2343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ARHGAP4-204ENST00000393721 2721 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 LZTS2-202ENST00000370223 2883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CATSPERZ-201ENST00000328404 743 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 OR10H1-201ENST00000334920 1124 ntAPPRIS P1 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 DPM2-202ENST00000373110 738 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 KIF9-205ENST00000432493 633 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AP001007.1-201ENST00000526796 645 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 KCTD14-201ENST00000353172 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 VRK1-201ENST00000216639 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 YPEL3-203ENST00000562641 1941 ntTSL 3 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 PCDHA1-202ENST00000394633 2204 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 AC104809.2-201ENST00000418218 2274 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TRABD-201ENST00000303434 2329 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 ANKRD6-204ENST00000447838 2968 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TLE4-205ENST00000376544 4871 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 TM6SF2-201ENST00000389363 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 SLC25A19-202ENST00000375261 1486 ntTSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 CLK3P2-201ENST00000427566 1453 ntBASIC18.1■□□□□ 0.49
COL6A1P12109 WSB2-202ENST00000441406 1353 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.2 ms