Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 FARP2-202ENST00000373287 2580 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TIMM50-202ENST00000544017 2572 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SPNS1-202ENST00000323081 2102 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL645728.1-201ENST00000366221 2101 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ZSWIM8-220ENST00000604524 5465 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CACNA1A-246ENST00000637736 8340 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SLC18A1-203ENST00000381608 1419 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TVP23C-201ENST00000225576 1527 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CYB561D2-202ENST00000418577 1533 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CRTC2-202ENST00000368630 1635 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MCTP1-218ENST00000515393 5396 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RPH3A-203ENST00000543106 2581 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PANX1-201ENST00000227638 2769 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DGCR6-202ENST00000413981 1039 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RAB34-206ENST00000415040 1293 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL161785.3-201ENST00000435157 395 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TTTY23B-201ENST00000442790 549 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 HOXB3-204ENST00000465120 943 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ROPN1-207ENST00000484329 566 ntTSL 3 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 BRK1-201ENST00000530758 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL096870.1-201ENST00000555591 930 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 FLVCR1-AS1-201ENST00000356684 2525 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TTLL5-219ENST00000556977 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CHGA-201ENST00000216492 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CORO6-202ENST00000388767 2397 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 JMJD4-207ENST00000620518 2432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ST8SIA5-201ENST00000315087 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DVL2-209ENST00000575458 2659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ZNF200-202ENST00000396870 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 STMN4-202ENST00000350889 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 VGLL4-202ENST00000413604 1554 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GALE-216ENST00000617979 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 S100A16-202ENST00000368704 1146 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PRAF2-201ENST00000376386 801 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ZNF589-204ENST00000440261 917 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 APOA1-AS-201ENST00000444200 563 ntTSL 4 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NDUFS7-218ENST00000618074 688 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL033527.4-201ENST00000641026 673 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 EXOC5-201ENST00000340918 2632 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MIER1-204ENST00000371012 2420 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ALDH4A1-201ENST00000290597 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MAP3K6-207ENST00000493901 4309 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AD000671.3-202ENST00000591091 1712 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 HNF1B-201ENST00000613727 1546 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL139300.1-201ENST00000472726 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 PP12613-201ENST00000424958 2230 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 CNOT6-202ENST00000393356 6303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NCAPH2-202ENST00000395698 1388 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RPLP2-201ENST00000321153 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RNF186-201ENST00000375121 1250 ntAPPRIS P1 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 DNAJB6-209ENST00000443280 1159 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AC140481.1-201ENST00000448777 706 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 RHOXF1P1-201ENST00000454625 772 ntTSL 3 BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 KLK15-204ENST00000598239 855 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 AL512343.1-201ENST00000605837 169 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 NFATC4-215ENST00000554661 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
CCDC87Q9NVE4 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.3 ms