Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 PWP2-201ENST00000291576 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 HOGA1-202ENST00000370646 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 CSNK1D-204ENST00000398519 1580 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 SLCO6A1-205ENST00000506729 2689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 MAP4K1-210ENST00000591517 2700 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 CES4A-206ENST00000540579 1825 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 WNK1-206ENST00000535572 9886 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 FKRP-201ENST00000318584 3332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 F12-201ENST00000253496 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 PCYOX1-201ENST00000264441 2959 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 HDAC11-202ENST00000402259 1000 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 BMF-207ENST00000559701 630 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 LRCH2-202ENST00000538422 4868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 LIMS2-205ENST00000409455 2500 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 ORAI2-205ENST00000478730 5531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 CCDC43-202ENST00000457422 2058 ntTSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 TSC22D4-201ENST00000300181 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF1-219ENST00000599846 3393 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.28■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 P2RY6-204ENST00000393592 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 MIF4GD-204ENST00000577542 1531 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 GAS7-203ENST00000432992 4970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 LINC02012-201ENST00000608206 1725 ntBASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 SELENBP1-204ENST00000426705 1928 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 DPY19L2P4-202ENST00000497063 2018 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 LINC01148-201ENST00000557527 1763 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 HOXB-AS4-202ENST00000480386 566 ntTSL 4 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AC011455.1-201ENST00000593830 504 ntTSL 3 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 IRF5-214ENST00000613821 595 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 EPHX2-207ENST00000521400 3140 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 VPS13B-201ENST00000355155 2822 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 SMUG1-209ENST00000505128 2607 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 BANP-203ENST00000393207 2438 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 TBRG4-203ENST00000395655 2225 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 AC110813.1-201ENST00000507934 2209 ntTSL 2 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 TAF5-201ENST00000369839 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 C16orf89-203ENST00000474471 1829 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.84
BRPF3Q9ULD4 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC20.27■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 HPGD-202ENST00000296522 3027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SRCIN1-215ENST00000621492 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SYT6-205ENST00000609117 4424 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 AC138035.3-201ENST00000622706 2791 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PPARD-202ENST00000337400 2041 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 KDM6A-202ENST00000382899 5789 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 GTPBP8-203ENST00000383678 1360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 C21orf2-201ENST00000325223 1283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SMIM11B-207ENST00000624758 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MAP2K3-215ENST00000627447 351 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 TXNDC2-206ENST00000611534 2066 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 DNASE2-201ENST00000222219 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 NEK7-202ENST00000367385 4149 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 DLGAP2-215ENST00000637795 3380 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 MEGF6-201ENST00000294599 4501 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 XXYLT1-205ENST00000437101 2149 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 ZBED1-201ENST00000381218 2832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 EP400-203ENST00000333577 3092 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
BRPF3Q9ULD4 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.7 ms