Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HERVK_113P62684 TRAF2-201ENST00000247668 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HERVK_113P62684 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HERVK_113P62684 AC112229.1-202ENST00000490013 2918 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HERVK_113P62684 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 OSGIN1-202ENST00000361711 2230 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 TEKT4P2-201ENST00000416067 1599 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ANAPC2-201ENST00000323927 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 POLR1C-201ENST00000304004 1280 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AL359764.1-201ENST00000444330 504 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 UCHL1-204ENST00000503431 917 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 LINC02437-201ENST00000505053 911 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PRYP6-201ENST00000514804 343 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 FAM66A-202ENST00000602658 546 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ANKRD2-203ENST00000370655 1451 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SP3-203ENST00000418194 3937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 STX3-203ENST00000529177 1571 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 MYO15B-232ENST00000610510 9195 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AXIN1-201ENST00000262320 3643 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 HLA-H-201ENST00000383620 1096 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AP1S3-202ENST00000396653 589 ntTSL 4 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SNHG17-203ENST00000417578 880 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 RPUSD3-204ENST00000424438 1005 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AL606760.1-201ENST00000458151 1181 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 CR383656.12-201ENST00000549567 513 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AL596325.1-201ENST00000563991 1082 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 FGFR2-207ENST00000359354 1680 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 RGN-203ENST00000397180 2257 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ASB10-202ENST00000377867 1738 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AP005329.2-201ENST00000580139 1771 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 APLNR-203ENST00000611099 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 LLGL2-209ENST00000578363 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 HEPN1-201ENST00000408930 1434 ntAPPRIS P1 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 MFGE8-201ENST00000268150 1937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ADIRF-201ENST00000372013 917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AL353597.1-201ENST00000414875 998 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AC091729.2-201ENST00000415656 302 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 LEPROTL1-204ENST00000518192 847 ntTSL 3 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AC243964.2-202ENST00000591312 752 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 GCFC2-202ENST00000409857 2516 ntTSL 5 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ZNF414-202ENST00000393927 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC19.18■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PTPA-203ENST00000348141 2737 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 PTPA-207ENST00000393370 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ETV3L-201ENST00000454449 1976 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 ANKRD20A5P-207ENST00000581935 2089 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 LIPE-AS1-201ENST00000457234 1501 ntTSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 EFR3A-201ENST00000254624 5438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 NRG1-216ENST00000523079 2359 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC19.17■□□□□ 0.66
HERVK_113P62684 RCAN3-204ENST00000425530 997 ntTSL 5 BASIC19.17■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.4 ms