Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SLC39A4-201ENST00000276833 2297 ntTSL 2 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 VPS37B-201ENST00000267202 3028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MRPS21-201ENST00000581066 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 XKR8-201ENST00000373884 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 IL18BP-207ENST00000404792 2172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PHGDH-202ENST00000369409 1882 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL391256.1-201ENST00000443260 1855 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 DOK4-218ENST00000569548 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 RHCE-201ENST00000294413 1591 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 DACT2-201ENST00000366795 2942 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KRT86-202ENST00000423955 2217 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AARSD1-202ENST00000427569 1322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KLK8-211ENST00000600767 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 RNF166-203ENST00000541206 2419 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 POMK-203ENST00000614426 1527 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 GNS-208ENST00000543646 2164 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TACSTD2-201ENST00000371225 2351 ntAPPRIS P1 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 CCKAR-201ENST00000295589 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 COPS6-202ENST00000418625 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL606760.2-202ENST00000452466 524 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LINC01605-204ENST00000522718 1093 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC079296.1-201ENST00000531592 560 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LINC02356-202ENST00000552663 314 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ELOF1-206ENST00000590700 585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PIH1D1-209ENST00000596049 992 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MALAT1-211ENST00000617791 394 ntTSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PIMREG-201ENST00000250056 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 NEXN-AS1-201ENST00000421331 2292 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LARGE2-206ENST00000529052 2459 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 RIC8A-201ENST00000325207 2702 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AP003356.1-202ENST00000517910 2770 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ALOX15B-205ENST00000573359 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LINC00116-202ENST00000426713 461 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 Z94721.1-201ENST00000444102 385 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PRSS48-202ENST00000455694 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 USP27X-AS1-201ENST00000437322 2175 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 RPS9-207ENST00000441429 1600 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 UBXN2A-201ENST00000309033 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 CASD1-201ENST00000297273 3942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 KLK15-201ENST00000326856 1389 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AJUBA-202ENST00000361265 2569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ASCC2-223ENST00000542393 2594 ntTSL 2 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 FOXP4-202ENST00000373057 3300 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 EIF4E1B-201ENST00000318682 1974 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 VAMP4-202ENST00000367740 1193 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 LYPLA2-201ENST00000374501 1117 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL157832.1-201ENST00000428273 495 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL356441.1-201ENST00000452618 492 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 COQ7-202ENST00000544894 819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC129507.3-201ENST00000571512 913 ntTSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 APOC4-201ENST00000591600 348 ntTSL 3 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC87Q9NVE4 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms