Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

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Length 179 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 BRPF1-201ENST00000383829 4736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SETD7-204ENST00000506866 1602 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 HLA-B-249ENST00000412585 1547 ntAPPRIS P1 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 DUSP4-201ENST00000240100 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ASB16-AS1-201ENST00000585457 2213 ntTSL 2 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 CPT2-208ENST00000636891 2746 ntTSL 5 BASIC16.69■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RASSF5-205ENST00000581503 5586 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ASPRV1-201ENST00000320256 2177 ntAPPRIS P1 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AFMID-201ENST00000327898 1700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AL132857.2-201ENST00000634305 1737 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TSPAN17-201ENST00000298564 2810 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SCARB1-203ENST00000415380 2731 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RPL21-203ENST00000319826 806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 LRRC37A5P-201ENST00000374304 1103 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TEX30-202ENST00000376021 1038 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 MIR661-201ENST00000384842 89 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 CDH23-AS1-201ENST00000428918 378 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TMEM176B-205ENST00000450753 1006 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RAB3A-202ENST00000464076 1253 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TMSB15B-204ENST00000540220 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TMSB15B-205ENST00000563257 590 ntTSL 4 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AC254562.3-201ENST00000626627 631 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TTBK2-208ENST00000622375 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 DNM1-202ENST00000372923 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 HPCAL1-208ENST00000622018 1535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 UBAP1-203ENST00000379186 2524 ntTSL 5 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SYVN1-201ENST00000294256 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 HNRNPD-201ENST00000313899 3033 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PPP1R3E-201ENST00000452015 4773 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 IQCE-217ENST00000623361 6775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 WNT5B-202ENST00000397196 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 HEY1-208ENST00000523976 1325 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC16.68■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 FENDRR-206ENST00000599749 2843 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 CD40-207ENST00000620709 1522 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 CROCCP3-201ENST00000263511 5368 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TOR3A-203ENST00000367627 2724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 CACNA1G-206ENST00000416767 4899 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TNNT3-204ENST00000381558 1258 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 NME1-NME2-202ENST00000393193 1021 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PSMA8-203ENST00000415576 1280 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 GOLGA6L11P-201ENST00000417252 1298 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PDLIM3-213ENST00000629667 1016 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 NTRK1-203ENST00000392302 2609 ntTSL 5 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ZNF773-201ENST00000282292 2206 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 HOXC5-201ENST00000312492 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 XPO5-201ENST00000265351 5364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TACR2-202ENST00000373307 1740 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC16.67■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 TUBGCP6-204ENST00000439308 6078 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 NECAB2-203ENST00000565691 2064 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RNF183-203ENST00000441031 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 DAPK1-202ENST00000408954 5892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 RASL11B-201ENST00000248706 1995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
HDDC3Q8N4P3 ITGA9-201ENST00000264741 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.66■□□□□ 0.26
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