Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 ZFP64-205ENST00000371518 1841 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MCCC1-215ENST00000629669 2316 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 NAT8L-201ENST00000331662 5571 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TDRKH-203ENST00000368824 2824 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC092143.3-201ENST00000565150 1900 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SLC25A47P1-201ENST00000531577 414 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC007406.4-201ENST00000539568 765 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 IGHV3OR16-16-201ENST00000563644 343 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 COMMD4-217ENST00000567195 677 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC008758.5-201ENST00000595562 617 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 HIST1H2BO-201ENST00000616182 381 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SFTA2-203ENST00000634371 815 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SDCBP2-202ENST00000360779 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CPSF3-201ENST00000238112 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 NFIC-203ENST00000443272 1716 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CLASRP-201ENST00000221455 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 GAL3ST1-203ENST00000402321 1908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PDXDC1-204ENST00000455313 2183 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CASP16P-202ENST00000575497 2161 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MAGEA8-201ENST00000286482 1778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MRPL55-215ENST00000366742 630 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 BRWD1P1-201ENST00000401091 371 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 LINC01759-201ENST00000412639 985 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AL139289.2-201ENST00000424948 661 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PTK7-212ENST00000476760 902 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TNNT1-209ENST00000587758 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 NDUFS7-219ENST00000620479 754 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TH-205ENST00000381175 1898 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SERPINA4-202ENST00000555095 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TRIP10-201ENST00000313244 2153 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 SAMD4A-208ENST00000555192 1337 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 ASAH1-231ENST00000636577 2129 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 FBXL17-201ENST00000359660 4510 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 AC005746.1-201ENST00000589244 672 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 LINC00237-203ENST00000593272 630 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 NEFHP1-201ENST00000412845 2629 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
NPHP3Q7Z494 DPEP3-201ENST00000268793 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AATK-203ENST00000417379 5081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ZBP1-202ENST00000395822 2073 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 ELOC-209ENST00000602840 2780 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SLC2A4-202ENST00000424875 1852 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 MCHR2-202ENST00000369212 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 SLX1A-SULT1A3-202ENST00000565342 2195 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 PACS2-205ENST00000547217 2809 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 EMC4-201ENST00000249209 852 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
NPHP3Q7Z494 FO681548.1-201ENST00000455617 1132 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.4 ms