Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 ZNF584-209ENST00000599238 2288 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SLC41A3-203ENST00000360370 2169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 RNLS-201ENST00000331772 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 HCST-201ENST00000246551 613 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC008443.3-201ENST00000412295 549 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC007388.1-210ENST00000415640 458 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 C3orf67-212ENST00000491845 832 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FOLR3-204ENST00000611028 820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC004840.1-201ENST00000636359 365 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PAX3-207ENST00000409551 1782 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PPEF2-207ENST00000621010 1797 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 HM13-202ENST00000340852 1606 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 LUC7L3-201ENST00000240304 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC005622.1-202ENST00000637093 1543 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MRGPRX3-201ENST00000396275 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TRAPPC3-203ENST00000373163 951 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SPSB2-204ENST00000523102 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SPSB2-205ENST00000524270 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FKBP11-208ENST00000550765 1030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AL512361.1-201ENST00000554200 418 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AURKB-214ENST00000585124 1227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 RNF216P1-203ENST00000404404 2427 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 HLA-A-202ENST00000376806 1854 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 HOXA10-202ENST00000396344 1570 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PSEN2-211ENST00000626989 1972 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TAP1-201ENST00000354258 2959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CUTA-202ENST00000374496 762 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC008278.1-201ENST00000431117 568 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 COQ9-214ENST00000567933 882 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SERAC1-201ENST00000367101 1907 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 DDTL-201ENST00000215770 1545 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ATP6AP2-233ENST00000638153 1303 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 ZNF419-201ENST00000221735 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.87
TRIM28Q13263 SRPX-201ENST00000378533 1874 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 KIF26A-202ENST00000423312 5649 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 U82695.1-201ENST00000635752 1889 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC002310.1-201ENST00000457283 1445 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 HYAL3-201ENST00000336307 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 EIF4H-201ENST00000265753 2679 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 TCP11L2-201ENST00000299045 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 DYDC2-202ENST00000372197 2022 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 C10orf35-201ENST00000373279 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 AP005018.1-201ENST00000525475 301 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 FAM212B-207ENST00000534365 1217 ntTSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
TRIM28Q13263 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
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