Protein–RNA interactions for Protein: Q149N8

SHPRH, E3 ubiquitin-protein ligase SHPRH, humanhuman

Predictions only

Length 1,683 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHPRHQ149N8 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 LINC00221-202ENST00000619530 1499 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AL139158.2-202ENST00000428151 573 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 SFTPC-202ENST00000437090 773 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AL606534.2-205ENST00000437691 346 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AL513217.1-202ENST00000458139 600 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 SERF1B-208ENST00000515588 792 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AL583810.1-201ENST00000553344 1045 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AC023310.3-201ENST00000557027 670 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AC100756.1-201ENST00000562736 682 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AC138749.3-201ENST00000567691 622 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 DM1-AS-201ENST00000586251 483 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 AC116165.1-201ENST00000611806 668 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 LAMTOR5-208ENST00000614544 846 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 RAB4A-205ENST00000618010 2799 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
SHPRHQ149N8 HCRTR1-203ENST00000403528 2003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AP003071.5-201ENST00000641568 2695 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 CTSW-201ENST00000307886 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 GREB1-205ENST00000389825 1315 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC026471.1-201ENST00000564629 3026 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 GBGT1-202ENST00000372038 847 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 ECSIT-203ENST00000417981 970 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 HIST2H2BA-202ENST00000430394 752 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 MAGI2-AS3-208ENST00000446159 670 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 C9orf41-AS1-201ENST00000455609 719 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC123567.1-201ENST00000548294 1261 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 HAUS2-211ENST00000639412 375 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC092068.3-201ENST00000587894 2016 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 BNIP2-212ENST00000607373 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 LINC01185-202ENST00000452343 1705 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TFEB-201ENST00000230323 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TRIM7-204ENST00000393319 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 LRRC38-201ENST00000376085 2209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 EIF3B-201ENST00000360876 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 C6orf47-202ENST00000375911 2475 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 ELK2AP-201ENST00000392510 1007 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TPT1-AS1-203ENST00000412946 744 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC007731.4-201ENST00000420225 652 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 ABHD11-AS1-201ENST00000427153 662 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AL354761.2-202ENST00000430816 546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 LINC01784-201ENST00000438401 378 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC108725.1-201ENST00000495472 409 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 FLJ27354-203ENST00000526694 851 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TPRX2P-201ENST00000535362 881 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 PPP1R14B-203ENST00000542235 920 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC009134.1-201ENST00000571939 443 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 PDCD6-212ENST00000614778 1050 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 BSG-202ENST00000346916 1605 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 BSG-203ENST00000353555 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AL590627.1-201ENST00000626603 1910 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TES-201ENST00000358204 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AF274855.1-203ENST00000424126 800 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 MYCLP2-201ENST00000449268 967 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 HSPB7-207ENST00000487046 844 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AURKB-202ENST00000534871 1167 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SRD5A3P1-201ENST00000603021 949 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 CAMK2G-205ENST00000372765 1822 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 FAM178B-204ENST00000490605 2710 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 CD72-211ENST00000612238 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 RAB29-201ENST00000235932 1723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 FBXO4-202ENST00000296812 1731 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SEPT6-209ENST00000489216 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
SHPRHQ149N8 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms