Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS4AQ9UN37 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS4AQ9UN37 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS4AQ9UN37 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.4 ms