Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
USP28Q96RU2 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC27.39■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 AKT1-203ENST00000407796 2710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.33■■□□□ 1.97
USP28Q96RU2 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC27.28■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 CCDC151-202ENST00000586836 1867 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
USP28Q96RU2 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
USP28Q96RU2 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 98.2 ms