Protein–RNA interactions for Protein: Q96GC9

VMP1, Vacuole membrane protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 406 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VMP1Q96GC9 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VMP1Q96GC9 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 PHLPP1-201ENST00000262719 6390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VMP1Q96GC9 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
VMP1Q96GC9 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.9 ms