Protein–RNA interactions for Protein: P48380

RFX3, Transcription factor RFX3, humanhuman

Predictions only

Length 749 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RFX3P48380 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
RFX3P48380 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFX3P48380 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFX3P48380 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFX3P48380 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
RFX3P48380 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC22.27■■□□□ 1.15
RFX3P48380 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
RFX3P48380 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
RFX3P48380 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFX3P48380 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFX3P48380 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFX3P48380 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
RFX3P48380 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
RFX3P48380 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
RFX3P48380 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
RFX3P48380 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
RFX3P48380 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFX3P48380 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFX3P48380 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFX3P48380 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFX3P48380 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
RFX3P48380 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
RFX3P48380 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
RFX3P48380 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
RFX3P48380 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFX3P48380 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFX3P48380 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
RFX3P48380 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFX3P48380 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
RFX3P48380 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFX3P48380 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
RFX3P48380 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
RFX3P48380 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
RFX3P48380 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
RFX3P48380 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
RFX3P48380 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
RFX3P48380 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
RFX3P48380 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
RFX3P48380 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RFX3P48380 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
RFX3P48380 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
RFX3P48380 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
RFX3P48380 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms