Protein–RNA interactions for Protein: P35625

TIMP3, Metalloproteinase inhibitor 3, humanhuman

Predictions only

Length 211 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TIMP3P35625 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.99
TIMP3P35625 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
TIMP3P35625 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
TIMP3P35625 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms