Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.68■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 ILDR2-208ENST00000529387 1238 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.64■■■□□ 2.02
SMARCA1P28370 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 SEC11C-204ENST00000587834 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.62■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
SMARCA1P28370 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCA1P28370 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCA1P28370 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCA1P28370 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCA1P28370 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCA1P28370 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
SMARCA1P28370 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
SMARCA1P28370 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
SMARCA1P28370 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SMARCA1P28370 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
SMARCA1P28370 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
SMARCA1P28370 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC27.54■■■□□ 2
SMARCA1P28370 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
SMARCA1P28370 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SMARCA1P28370 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
SMARCA1P28370 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
SMARCA1P28370 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
SMARCA1P28370 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
SMARCA1P28370 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
SMARCA1P28370 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms