Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 IGHM-202ENST00000637539 1683 ntAPPRIS P5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AL645728.2-201ENST00000641974 660 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FAM46A-201ENST00000320172 5609 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GALNT10-203ENST00000425427 4344 ntTSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PANX2-201ENST00000159647 2964 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SQLE-201ENST00000265896 2961 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ARHGAP11A-201ENST00000361627 5898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TIGAR-201ENST00000179259 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PRSS16-201ENST00000230582 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 APOPT1-201ENST00000409074 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC29A2-205ENST00000544554 2505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AL031731.1-201ENST00000642131 2094 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SPATC1-201ENST00000377470 2007 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ORMDL1-203ENST00000392350 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FAM156B-207ENST00000616419 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FAM156A-212ENST00000617970 2032 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MOV10L1-201ENST00000262794 3960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CDK2-204ENST00000553376 1725 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ZBTB7C-221ENST00000590800 4947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ZFYVE28-208ENST00000511071 3273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GULP1-209ENST00000410051 1595 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ATP6V1C2-204ENST00000635370 1578 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SH2B1-206ENST00000545570 1488 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PSMC3IP-202ENST00000393795 1416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 ANAPC13-206ENST00000514612 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AP001189.5-201ENST00000637683 1413 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TNIP1-220ENST00000610535 2726 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RASSF8-AS1-202ENST00000500276 2610 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TMEM42-201ENST00000302392 1026 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 BEX3-201ENST00000361298 921 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MSRB1-202ENST00000399753 847 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MIR940-201ENST00000401276 94 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TSPAN32-207ENST00000451520 1236 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MAL2-202ENST00000531508 892 ntTSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC025162.1-201ENST00000554022 565 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 YTHDF3-215ENST00000621957 2387 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TRPC1-201ENST00000273482 4324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NEK2-202ENST00000366999 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 LINC02370-201ENST00000428272 2009 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 HPGD-213ENST00000541923 2920 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FUT5-201ENST00000252675 1916 ntAPPRIS P1 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 LRRC56-201ENST00000270115 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NAIF1-201ENST00000373078 3399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MUL1-201ENST00000264198 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 FUT2-201ENST00000391876 1593 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NFIX-214ENST00000592199 1509 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 RBM6-210ENST00000442092 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AL021453.1-201ENST00000333487 2989 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC006064.2-201ENST00000501075 2196 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 UBAC2-203ENST00000403766 1375 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 STARD3NL-204ENST00000434197 1341 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC139530.2-201ENST00000571730 1922 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SLC2A8-201ENST00000373352 914 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MED15P5-201ENST00000423150 992 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 STARD13-205ENST00000439831 945 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AL591424.1-201ENST00000442569 1213 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AL391069.2-202ENST00000447795 622 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 AC007064.4-201ENST00000637740 555 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 EIF4H-202ENST00000353999 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
ATG4BQ9Y4P1 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.8 ms