Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 ADGRB2-203ENST00000398538 4675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LFNG-207ENST00000614382 1969 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 B4GALNT2-201ENST00000300404 1906 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TLE3-212ENST00000558201 2766 ntTSL 5 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC16.25■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 OSGEP-201ENST00000206542 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PDE12-202ENST00000487257 3040 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SGCE-206ENST00000445866 1666 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CHST10-201ENST00000264249 2842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PRMT1-202ENST00000454376 1327 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 DENND1A-202ENST00000373620 3612 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ACSM2B-211ENST00000567001 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC078925.2-201ENST00000624013 1973 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 APOA4-201ENST00000357780 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PTPRN2-205ENST00000409483 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FBXO21-208ENST00000622495 6040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 DVL1-202ENST00000378891 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SIK3-205ENST00000446921 3858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TMEM97-201ENST00000226230 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GLOD4-202ENST00000301329 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PLGRKT-201ENST00000223864 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PF4-201ENST00000296029 604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PHF19-201ENST00000312189 836 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 C6orf99-202ENST00000367073 769 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 GGT1-207ENST00000404532 853 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL391069.3-201ENST00000455503 618 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SHF-202ENST00000458022 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MTDHP4-201ENST00000600287 670 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC025062.2-201ENST00000605477 670 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL662799.1-201ENST00000630418 496 ntTSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CLIC5-202ENST00000339561 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CNGA3-205ENST00000436404 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CTPS2-201ENST00000359276 3629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL662844.4-201ENST00000606367 2838 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ARMC5-203ENST00000457010 4844 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 WAPL-202ENST00000298767 6333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SHANK1-204ENST00000391814 6622 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 FRMD8P1-201ENST00000440433 1524 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TRIM11-201ENST00000284551 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 THSD1-202ENST00000349258 3189 ntTSL 1 (best) BASIC16.24■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC068831.1-204ENST00000501381 1621 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SOWAHB-201ENST00000334306 3220 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ACSM2A-213ENST00000575690 2322 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AHRR-203ENST00000505113 2173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TTC24-201ENST00000368236 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RASIP1-201ENST00000222145 3308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 EVA1A-205ENST00000410113 1747 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 LINC02199-201ENST00000506655 2702 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TM2D1-201ENST00000294613 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 C6orf226-201ENST00000408925 552 ntAPPRIS P1 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC063976.1-201ENST00000457890 381 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CYMP-203ENST00000474680 1263 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AC008403.2-204ENST00000600650 1006 ntTSL 3 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TM2D1-212ENST00000606498 969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 MIOS-202ENST00000405785 3095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 CEACAM21-203ENST00000407170 1691 ntTSL 2 BASIC16.23■□□□□ 0.19
VPS4AQ9UN37 TCP1-203ENST00000420894 1671 ntTSL 5 BASIC16.23■□□□□ 0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77 ms