Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 GABRD-218ENST00000640949 1684 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 BCAS3-204ENST00000585744 2203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AMT-206ENST00000458307 1860 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 GOLGA2P2Y-202ENST00000423852 1506 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PTPN20-203ENST00000374342 1929 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TPGS2-220ENST00000610723 1426 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PALM-201ENST00000264560 2755 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CYB5R3-204ENST00000407332 1849 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 EGR2-203ENST00000439032 2844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TECR-201ENST00000215567 1171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PMF1-BGLAP-203ENST00000490491 1007 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AP001059.3-201ENST00000619053 235 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CFL1-203ENST00000525451 1878 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TRIM33-202ENST00000369543 3457 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 KIAA1586-201ENST00000370733 2933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 KAT7-213ENST00000510819 1769 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 GPAA1P2-202ENST00000606848 1787 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PTPA-206ENST00000358994 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 THAP12-201ENST00000260045 3300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PGRMC2-208ENST00000613358 3783 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 ASB6-203ENST00000450050 4535 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 GNE-201ENST00000377902 2565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 STOML1-203ENST00000359750 984 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IZUMO4-201ENST00000395296 869 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AL355140.1-201ENST00000457328 398 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AZIN1-AS1-212ENST00000520538 476 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC093520.2-201ENST00000561830 333 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC009133.1-203ENST00000569039 589 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AC021148.1-201ENST00000513652 1532 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 DDHD1-201ENST00000323669 5503 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SERHL2-203ENST00000340239 1315 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 FAM214B-206ENST00000603301 3256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 DGKE-204ENST00000572810 1843 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CGREF1-205ENST00000404694 1376 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 NFATC4-208ENST00000553708 5367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 MAGEA4-206ENST00000393921 1727 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SNHG18-201ENST00000508179 1799 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AL139398.1-201ENST00000638795 1529 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CDK11B-204ENST00000407249 2677 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 EFNA4-202ENST00000368409 1263 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SPDYE7P-202ENST00000420373 878 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 SSNA1-204ENST00000464553 723 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 IL4I1-204ENST00000595948 2407 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 ORAOV1-206ENST00000536870 2274 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TTC24-202ENST00000368237 1969 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 C10orf107-201ENST00000330194 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 TAB1-202ENST00000331454 1660 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 CACNA1A-201ENST00000360228 8627 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
CHMP4AQ9BY43 PLEKHA2-208ENST00000616927 1748 ntTSL 5 BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.6 ms